生物技術研究所於民國85年成立，隔年民國86年生命科學系成立。系所共有13位專任教師(教授5人；副教授6人；助理教授2人)及二位行政助理。大學部學生221人、生物技術碩士班45人、生物博士班28人。

本系學士班須滿足校核心課程相關規定及修滿四個學程，學分達128學分以上方得畢業。學士班主修學程包含:基礎科學學程(22學分)、生科核心(一)學程(22學分)、生科核心(二)學程(21學分)，校核心課程43學分，專業選修學程包含: 細胞生物學程(21學分)、生化分生學程(21學分)、生物產業學程(21學分)、生物資訊學程(21學分)。

本系研究所碩士班畢業學分為33學分，包含專業必修21分與專業選修12學分。博士班畢業學分為30學分，包含專業必修28學分與專業選修2學分。

（一）大學部：
聚合?連鎖反應器、高速離心機、UV/VIS光譜儀、ELISA判定儀、電泳設備、層析儀、電腦資料數據處理系統、相位差顯微鏡、生化工程設備（發酵槽）
（二）研究所：

1. 顯微設備：共軛焦顯微鏡、螢光顯微鏡、相位差顯微鏡。
2. 細胞及分子生物設備：流式細胞儀、超高速流式細胞分選儀、高通量細胞影像分析儀、雙雷射螢光偵測儀、DNA自動定序儀、即時定量PCR、多功能分子交互作用測定儀、高感度影像擷取分析儀、電漿耦合質譜儀、奈米顆粒研磨機、雷射粒徑分析儀。
3. 藥物研發設備：藥物溶離自動化設備、熱差分析儀、滲透壓分析儀。
4. 發酵設備：固態發酵槽、舉式發酵槽、攪拌式生物反應器。
5. 蛋白體設備：IEF電泳設備、PAGE電泳設備。

本系所之研究特色包括: 肝損傷之再生與修復機制研究、疫苗科技及蛋白體生物資訊研究、幹細胞的培養及治療應用、中草藥與海洋天然物成份及細胞活性分析、藥物晶型分析及藥物動力學研究、日本腦炎病毒複製及感染機制研究、木黴菌抗菌物質之開發與應用、植物基因轉殖與植物訊息傳遞研究、病毒感染與免疫細胞交互作用、奈米觸媒及奈米藥物傳遞系統、癌症分子訊息傳遞機制研究。

畢業生可依個人之興趣、能力尋找適合的生技公司、政府研究單位作為職業之選擇，亦可繼續攻讀博士班、碩士班。此外本校亦開設有教育學程，對中學教育有興趣者可選擇修習此學程，以便將來成為正式中學教師。

(1)近程目標（1-3年）著重於強化分子生物學、細胞生物學、生物化學、蛋白質體學、生物資訊學及生化工程等現代生技領域之教學研究。亦將整合校內相關科系，加強跨領域學門的交流合作，共同申請國科會「國家型研究計畫」，發展具有團隊特色之生物科技。
(2)中程目標（3-5年）結合基礎科學與應用學門，配合各師資之研究領域，並與國內生物技術專家及相關學者，共同組成研究團隊，發展具有應用性及前瞻性的研究主題，目標是落實產學合作，加速東部地區生技產業之發展。
(3)長程目標（5-10年）擴大生物技術各重點領域之教學與研究。加強國際間生物技術領域之合作與交流，追求學術卓越。